根據農業(yè)農村部統計，我國種植業(yè)經(jīng)營(yíng)組織的規模總體仍然以小農為主，并將在相當長(cháng)一個(gè)時(shí)期保持這種狀態(tài)。截至?2016?年底，我國農戶(hù)戶(hù)均耕地面積約為?9.8?畝，經(jīng)營(yíng)規模在?50?畝以下的農戶(hù)占農戶(hù)總數的?97%?左右，經(jīng)營(yíng)的耕地面積占全國耕地總面積的?82%?左右，戶(hù)均耕地面積?5?畝左右；經(jīng)營(yíng)規模在?50?畝以上的規模化農業(yè)經(jīng)營(yíng)主體約有?400?萬(wàn)個(gè)，平均經(jīng)營(yíng)規模也只有?100?畝左右（表?1）。
按照《畜禽糞污土地承載力測算技術(shù)指南》中推薦的畜禽適宜承載力標準，5?畝地只能承載出欄?50?頭以下生豬產(chǎn)生的糞便養分。按照種植業(yè)規模經(jīng)營(yíng)戶(hù)均?100?畝土地計算，也只能承載?500?頭存欄豬場(chǎng)的糞肥全部就地利用。再加上規模養殖不能占用基本農田，使得養殖場(chǎng)大多分布在偏遠山地等區域，空間分離進(jìn)一步加劇了種養分離，導致我國畜禽廢棄物農田利用率低，糞便氮還田施用量約占排泄量的?30%；糞便磷還田施用量?jì)H占排泄量的約?48%。
施用方式粗放、糞便養分利用效率低
一頭豬就是一個(gè)小型有機化肥廠(chǎng)。據統計，我國當前每年產(chǎn)生的動(dòng)物有機肥（畜禽糞便）總量約為?1?400?萬(wàn)噸純氮，約相當于化學(xué)氮肥年生產(chǎn)量的一半。畜禽糞便除了氮、磷、鉀和微量元素等養分外，還有大量有機質(zhì)，因此，糞便還田可提高土壤有機質(zhì)含量，改善土壤物理化學(xué)性質(zhì)，有助于作物產(chǎn)量的提高。東北有機肥農田施用試驗表明，當有機肥的有機質(zhì)含量> 70.0%（烘干基），施用量在?6?000±1?500?kg/hm2以上時(shí)，連續施用?3?年，黑土地土壤有機質(zhì)含量能夠增加?0.9—1.8?g/kg，0—35?cm?黑土地表層土壤腐殖化物質(zhì)增加?36.0%?以上。用畜禽糞便部分替代化學(xué)氮肥施用后，能將我國三大主糧作物的平均產(chǎn)量提高?6.8%，將作物的氮素吸收量提高?6.5%，氮肥利用率提高?10.4%。與此同時(shí)，還可以將?NH3揮發(fā)損失量降低?23%，氮淋溶損失量降低?25.8%，氮徑流損失量降低?26.7%。
糞肥不同于化肥，畜禽糞便養分含量低、體積大（表?2），再加上厭氧發(fā)酵設施、管網(wǎng)設施、沼液（尿液）貯存池、糞便堆放發(fā)酵場(chǎng)地、專(zhuān)用運糞車(chē)輛、滴灌或噴灌設施、固體有機肥施用機械等農業(yè)設施及設備匱乏且產(chǎn)業(yè)化水平低，導致貯存、運輸和施用不方便。另外，不管是規模化養殖場(chǎng)還是中小農戶(hù)，糞肥施用主要靠經(jīng)驗，有機肥和化肥的配比不合理，施用時(shí)間和施用量不科學(xué)，再加上目前沼渣、沼液等以表施為主，不僅造成作物減產(chǎn)，同時(shí)還會(huì )帶來(lái)氨氣、臭氣等環(huán)境污染，因此導致農民有機肥使用積極性不高。研究表明，施用到農田中的畜禽糞污氮養分有近?40%?因為施肥方式的不合理和設施設備的缺乏而排放到水體和大氣中。